De 1983 à 1989, Stefan Hunziker a étudié la médecine humaine à l'Université de Bâle, où il a obtenu son doctorat en médecine en 1990. De 1990 à 1997, il a effectué sa spécialisation en chirurgie générale (FMH) à l'hôpital régional de Thoune et à l'hôpital cantonal d'Aarau. En 1999, il s'est orienté vers l'informatique en tant que chef de projet. En 2002, il a rejoint l'hôpital cantonal de Lucerne, où il a été chargé de la création et de la gestion du département d'informatique médicale.

Parallèlement, il a suivi une formation complémentaire en systèmes d'information de gestion à la Haute École Spécialisée Suisse (HES-S). En 2012, les services informatiques de l'Hôpital Cantonal de Lucerne ont été regroupés au sein d'une seule entité, qu'il a dirigée jusqu'à fin 2025. Durant cette période, il a joué un rôle déterminant dans le déploiement d'Epic, première installation en langue allemande.

Fort de plus de 30 ans d'expérience en médecine et en informatique, il est un professionnel de santé chevronné et engagé, acteur majeur de la transformation numérique du secteur de la santé. Ses compétences clés sont le conseil en gestion, le management et la stratégie, qu'il conjugue à son Executive MBA et à sa formation médicale.