Von 1983 bis 1989 Studium der Humanmedizin an der Universität Basel. Dort promovierter Stefan Hunziker 1990 zum Doktor der Medizin. Von 1990 bis 1997 Weiterbildung zum Facharzt FMH für Allgemeinchirurgie am Regionalspital Thun und am Kantonsspital Aarau. 1999 erfolgte der Wechsel in die Informatik als Projektleiter. Im Jahre 2002 wechselte er ans Kantonsspital Luzern, wo er mit dem Aufbau und der Leitung der Medizininformatik betraut wurde. 

Gleichzeitig absolvierte er die Weiterbildung zum Wirtschaftsinformatiker FH, an der Fernfachhochschule Schweiz. 2012 wurden die Informatikdienste im Luzerner Kantonsspital in eine Organisation zusammengeführt, die er bis Ende 2025 leitete. In dieser Zeit war er massgeblich an der Einführung von Epic als erste deutschsprachige Installation beteiligt.

Mit über 30 Jahren Engagement in Medizin und Informatik ist er ein erfahrener und engagierter Healthcare Professional, der die digitale Transformation im Gesundheitswesen vorantreibt. Seine Kernkompetenzen sind Business Consulting, Business Management und Strategy, die er mit seinem Executive MBA und seiner medizinischen Ausbildung verbindet.